Будинок полкової канцелярії розташовувався у східній частині Чернігівської фортеці. Як вважають дослідники, збудовано його було близько 1690-х. і його споруда на сьогодні є однією з найраніших цивільних мурованих споруд. Спершу будинок належав чернігівському полковнику Я. Лізогубу, а згодом – . і гетьманові І. Мазепі. У XVІІІ ст. у ньому розташовувалася полкова канцелярія.
Головною особливістю даної споруди є те, що за основу при її будівництві було взято класичну українську хату на дві половини. Тобто, посередині знаходилися сині-коридор, а вже від них з боків влаштовувалися кімнати, перекриті всередині системою циліндричних склепінь. Ззовні будинок яскраво декорований: у його декорі будівельник удачно використав пластику кирпича.
Будинок дуже сильно постраждав під час пожеж у 1718 та 1750 рр., але кожного разувідновлювався. У другій половині ХVІІІ ст. до північного фасаду прибудовано тамбур, а поряд з ним обладнано вхід до підвального приміщення ззовні.