Михайлівську дерев'яну церкву було збудовано на початку XVІІІ ст. у північно-східній частині Чернігівської фортеці, поряд із мурованою Воскресенською церквою. Це була невелика тридільна споруда, зображення зовнішнього вигляду якої до наших днів не збереглося. Вона відігравала роль теплої зимової церкви Воскресенського приходу. Не відомо, завдяки чому їй вдалося пережити пожежу 1750 р., коли погоріли навіть муровані храми. Спасо-Преображенський собор та Воскресенська церква. Після того, як було розібрано Воскресенську церкву, Михайлівський храм продовжував існувати. У другій половині ХVІІІ ст. за неї діяла церковно-парафіяльна школа.
Церковь вирішили розібрати лише наприкінці XVIII – на початку ХІХ ст. у зв'язку з ліквідацією фортеці та кардинальною перебудовою її території. Сьогодні на місці Михайлівської церкви знаходитьсяЧернігівський історичний музей імені В. В. Тарновського.