Основними завданнями Деснянського БУВР є:
- забезпечення реалізації державної політики у сфері управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів басейну нар. Дніпро в межах Чернігівської області та басейну річки Десна;
- участь у виконанні державних цільових програм з питань водного господарства, гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення повіхневих водних ресурсів, та здійснення заходів, пов'язаних із запобіганням шкідливої ​​дії вод та ліквідацією її наслідків, включаючи протипаводковий захист сільських населених пунктів та сільськогосподарських угідь в межах Чернігівської області;
- забезпечення реалізації державної політики у сфері розвитку водного господарства та меліорації земель та експлуатації об'єктів державного водогосподарського комплексу та міжгосподарських меліоративних систем в Чернігівській області;
- спрямування такоординація діяльності організацій, що належать до сфери управління Держводагентства, розташованих біля басейну р. Десна, з питань управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, а також функціонування системи державного моніторингу довкілля в частині проведення гідрохімічних та радіологічних спостережень за станом поверхневих вод.

Аппарат управління здійснює керівництво 5 водогосподарськими організаціями Деснянського БУВР – міжрайонними управліннями водного господарства з чисельністю працюючих 759 чоловік та управління основними фондами загальною вартістю 321 млн.грн., а також здійснює весь спектр завдань у частині реалізації державної та регіональної політики у сфері управління водними ресурсами.

Для визначення єдиної технічної політики у водному господарстві та меліорації, спрямованої на впровадження науково-обґрунтованих рішень з урахуванням передовогодосвіду в проектуванні, будівництві та експлуатації водогосподарських об'єктів, створено Технічну раду Деснянського БУВР.

Для забезпечення надійної роботи водогосподарських систем, комплексів та споруд і своєчасним виконанням водогосподарськими організаціями управління заходів щодо запобігання аваріям та надзвичайним ситуаціям, пов'язаних з пропуском наводнень та паводків, а також аваріями техногенного походження у складі функціональної відомчої системи запобігання та реагування на надзвичайні та природного характеру при Деснянському БУВР діє Аналітично-диспетчерський центр.

Важливою водогосподарською проблемою є захист територій, що знаходяться під загрозою паводків та підтоплення. На сьогодні Деснянським БУВР експлуатується 140 км дамб обвалування, якими захищається 45 тис.га сільгоспугідь та 2 населені пункти.

Також організаціями управлінняексплуатуються 304 державні міжгосподарські меліоративні системи загальною площею 300,3 тис.га. Найбільшими є системи "Остер", "Доч-Гали", "Смолянка", "Убідь", "Ромен".

Приоритетними напрямками оновлення та забезпечення збалансованого розвитку водогосподарсько-меліоративного комплексу області є: вирішення питань реформування та удосконалення управління водним господарством, збереження та раціональне використання водних та земельних ресурсів, підтримання у робочому стані меліоративних систем, водозабезпечення населення та всіх галузей економіки.