Основними завданнями Деснянського БУВР є:
- забезпечення реалізації державної політики у сфері управління,використання та відтворення поверхневих водних ресурсів басейну р. Дніпро у межах Чернігівської області та басейну річки Десна;
- участь у виконанні державних цільових програм з питань водного господарства, гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення повехневих водних ресурсів, та здійснення заходів, пов’язаних із запобіганням шкідливій дії вод і ліквідацією її наслідків, включаючи протипаводковий захист сільських населених пунктів та сільськогосподарських угідь у межах Чернігівської області;
- забезпечення реалізації державної політики у сфері розвитку водного господарства і меліорації земель та експлуатації об’єктів державного водогосподарського комплексу та міжгосподарських меліоративних систем у Чернігівській області;
- спрямування та координація діяльності організацій, що належать до сфери управління Держводагентства, розташованих у басейні р. Десна, з питань управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, а також функціонування системи державного моніторингу довкілля в частині проведення гідрохімічних та радіологічних спостережень за станом поверхневих вод.

Апарат управління здійснює керівництво 5 водогосподарськими організаціями Деснянського БУВР – міжрайонними управліннями водного господарства з чисельністю працюючих 759 чоловік та управління основними фондами загальною вартістю 321 млн.грн., а також здійснює весь спектр задач в частині реалізації державної та регіональної політики в сфері управління водними ресурсами.

Для визначення єдиної технічної політики у водному господарстві й меліорації, спрямованої на впровадження науково-обґрунтованих рішень з урахуванням передового досвіду у проектуванні, будівництві та експлуатації водогосподарських об’єктів, створена Технічна рада Деснянського БУВР.

Для забезпечення надійної роботи водогосподарських систем, комплексів та споруд і своєчасним виконанням водогосподарськими організаціями управління заходів по запобіганню аваріям та надзвичайним ситуаціям, пов’язаних з пропуском повеней і паводків, а також аваріями техногенного походження в складі функціональної відомчої системи запобігання і реагування на надзвичайні ситуації техногенного та природного характеру при Деснянському БУВР діє Аналітично-диспетчерський центр.

Важливою водогосподарською проблемою є захист територій, які знаходяться під загрозою паводків і підтоплення. На сьогодні Деснянським БУВР експлуатується 140 км дамб обвалування, якими захищається 45 тис.га сільгоспугідь та 2 населених пункти.

Також організаціями управління експлуатуються 304 державні міжгосподарські меліоративні системи загальною площею 300,3 тис.га. Найбільшими є системи „Остер”, „Доч-Гали”, „Смолянка”, „Убідь”, „Ромен”.

Пріоритетними напрямами оновлення і забезпечення збалансованого розвитку водогосподарсько-меліоративного комплексу області є: вирішення питань реформування і удосконалення управління водним господарством, збереження та раціональне використання водних і земельних ресурсів, підтримання у робочому стані меліоративних систем, водозабезпечення населення та усіх галузей економіки.