Співробітники Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» неодноразово наголошували, що вікна у Спасо-Преображенському соборі знаходяться в незадовільному стані, вражені грибком, деревина за тривалий період експлуатації розсохлася, спостерігаються нещільності між рамою та склом. Це порушує температурний і вологісний режим у пам’ятці архітектури, особливо у зимовий період, негативно впливає на її технічний стан та іконостасу.