Будинок полкової канцелярії розташовувався в східній частині Чернігівської фортеці. Як вважають дослідники, збудовано його було близько 1690-х рр. і його споруда на сьогодні є однією з найбільш ранніх цивільних мурованих споруд. Спочатку будинок належав чернігівському полковнику Я. Лизогубу, а згодом – і гетьману І. Мазепі. У XVІІІ ст. в ньому розташовувалася полкова канцелярія.
Головною особливістю даної споруди є те, що за основу при її будівництві було взято класичну українську хату на дві половини. Тобто, по середині знаходилися сіни-коридор, а вже від них по боках влаштовувалися кімнати, перекриті всередині системою циліндричних склепінь. Ззовні будинок яскраво декорований: в його декорі будівельник вдало використав пластику цегли.
Будинок дуже сильно постраждав під час пожеж у 1718 та 1750 рр., але кожного разу відновлювався. В другій половині XVІІІ ст. до північного фасаду прибудовано тамбур, а поряд з ним облаштовано вхід до підвального приміщення ззовні.