На виконання Указу Президента України від 30 вересня 2010 року № 927/2010 «Про заходи щодо розвитку системи виявлення та підтримки обдарованих і талановитих дітей та молоді», Державної цільової соціальної програми розвитку позашкільної освіти на період до 2014 року, затвердженої постановою Кабінету Міністрів України від 27 серпня 2010 р. N785, рішенням другої сесії шостого скликання Чернігівської обласної ради від 10 грудня 2010 року було затверджено обласну цільову соціальну Програму розвитку позашкільної освіти та підтримкм обдарованої молоді на період до 2015 року. У ході реалізації даної Програми 30 вересня 2011 року прийнято рішення про створення обласного комунального позашкільного навчального закладу «Чернігівська Мала академія наук учнівської молоді» Чернігівської обласної ради, який розпочав діяльність з 4 січня 2012 року.
У лютому 2012 року було проведено ІІ етап Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів Малої академії наук України, організована участь учнів-членів МАН України у Всеукраїнській науково-технічній виставці молодіжних інновацій та творчих проектів «Майбутнє України», конкурсі-захисті науково-дослідницьких робіт учнів 6-8 класів, навчанні учнів у очно-заочних профільних школах Малої академії наук України, у Всеукраїнських літніх профільних школах Малої академії наук України, а також для учнів м. Мена та м. Чернігова було проведено Національним центром «Мала академія наук України» виїзний науково-популярний лекторії в рамках Всеукраїнського науково-освітнього проекту «Наука ХХІ століття: перспективні напрями розвитку».
Педагогічні працівники закладу взяли участь у семінарах-практикумах, організованих Національним центром «Мала академія наук України», «Теорія і практика освіти обдарованих учнів у літній період», «Удосконалення діяльності наукових відділень Малої академії наук України в контексті останніх освітніх тенденцій», у ІІ Міжнародній науково-практичній конференції «Наукова еліта у розвитку держави» та інших заходах.
Напередодні початку 2012-2013 навчального року з метою покращення рівня методичної роботи педагогічних колективів загальноосвітніх навчальних закладів з обдарованою учнівською молоддю на базі Чернігівської МАН учнівської молоді було проведено семінар- практикум «Шляхи покращення організації науково-дослідницької роботи з обдарованими та здібними учнями шкіл Чернігівської області», в якому взяли участь відповідальні за роботу з обдарованою учнівською молоддю відділів освіти райдержадміністрацій та управлінь освіти міських рад.
З метою підвищення рівня якості надання освітніх послуг підготовки до науково-дослідницької діяльності школярів до гурткової роботи в ОКПНЗ «Чернігівська МАН учнівської молоді» у 2012-2013 навчальному році залучено 12 викладачів Чернігівського національного педагогічного університету імені Т.Г. Шевченка, 5 – Чернігівського державного технологічного університету, 5 – Чернігівського державного інституту економіки і управління, 1 - Чернігівського інституту інформацій бізнеса і права, 1- Українсько-російського інституту ( філіалу) МГОУ в м. Чернігові, 3 – Ніжинського державного педагогічного університету імені Миколи Гоголя. З них 18 мають науковий ступінь «кандидат наук», 7 – звання «доцент». Також керівниками гуртків є 70 учителів вищої категорії, більшість з яких мають педагогічні звання «старший учитель» або «учитель-методист», а 5 – «заслужений вчитель України»
Заняття у гуртках проводяться як на базі ОКПНЗ «Чернігівська Мала академія наук учнівської молоді», так і на базі вищих та найкращих загальноосвітніх навчальних закладів області. Переважна кількість загальноосвітніх навчальних закладів – це заклади нового типу.
Сформована таким чином мережа гуртків забезпечує належну організацію науково-дослідницької роботи з членами територіального відділення Чернігівської МАН та сприяє профорієнтаційній роботі зі старшокласниками.